Силы специальных операций Соединённых Штатов
Протагонист, Номад, является членом группы «Хищник», которая сформирована из бойцов Дельты (SFOD-D — Special Forces Operational Detachment-Delta). Группа состоит из пяти человек: Ацтек, Шут, Псих, Кочевник (Номад, протагонист) и Пророк (руководитель группы). Истинные имена персонажей раскрыты в редакторе Sandbox 2 Editor, который поставляется вместе с игрой. Ацтек и Шут умирают почти в самом начале игры, и в живых остаётся только трое. JSOC (англ. Joint Special Operations Command — Объединённое Командование Специальных Операций) является координатором отряда, однако позже командование берет на себя персонал авианосца «Конституция».
1-й лейтенант Джейк Данн (англ. Jake Dunn), позывные — Кочевник (англ. Nomad): протагонист. Его лицо не показывается (за исключением концептуальных художественных работ), и он выполняет задания с целеустремлённым пылом.
Гарольд Кортез (англ. Harold Cortez), позывные — Ацтек (англ. Aztec): убит и искалечен вместе с четырьмя корейскими патрульными в самом начале игры.
Мартин Хокер (англ. Martin Hawker), позывные — Шут (англ. Jester): когда группа «Хищник» нашла замороженный корабль в глубине джунглей далеко от берега, Шут был атакован и захвачен инопланетным механизмом, который утащил его в джунгли. Искалеченное тело Шута было найдено недалеко от корабля.
Сержант Майкл Сайкс (англ. Michael Sykes), позывные — Псих (англ. Psycho): прежде был сотрудником британской SAS (англ. Special Air Service — Специальная Авиадесантная Служба), позднее присоединился к силам Delta Force. Имеет тенденцию использовать британскую профанацию и вытатуировал знаки отличия SAS на своём затылке. Является протагонистом в аддоне Crysis Warhead.
Майор Лоренс Бернс (англ. Laurence Barnes), позывные — Пророк (англ. Prophet): лидер отряда «Хищник». Он, так же как и Шут, был похищен инопланетным механизмом, однако его тело не было найдено. После похищения командование отрядом берёт на себя майор Стриклэнд. Пророк чудесным образом вновь появляется в игре в тот момент, когда Номад покинул космический корабль пришельцев, однако его поведение странно. Он сумел непонятно как использовать и перенастроить под себя инопланетное оружие, и, кажется, ему присуще более глубокое понимание техники пришельцев, чем кому-либо ещё. В конце игры Пророк по не совсем понятным причинам бежит с авианосца и возвращается на остров.
Корпус морской пехоты Соединённых Штатов
Под руководством майора Стриклэнда, U.S.M.C. (англ. United States Marine Corps — Корпус Морской пехоты Соединённых Штатов) поставлял большую часть наземной военной техники и морских пехотинцев во время конфликта. Мобильный штаб U.S.M.C. расположен на главном корабле морской ударной группы ВМС США, авианосце «Конституция», и развёртывает наступательные силы на острове с помощью большого количества VTOL. Майор Стриклэнд принимает командование миссией после похищения Пророка, однако сам погибает в сражении: чтобы отвлечь инопланетную машину от эвакуационных VTOL’ов, он преднамеренно остаётся.
ВМС Соединённых Штатов
Адмирал Ричард Моррисон (англ. Richard Morrison) руководит авианосным ударным соединением, состоящим из нескольких кораблей Военно-морских Сил США во главе с авианосцем «Конституция». Именно на главном корабле, «Конституции», происходят действия последнего эпизода. После того как реактивный истребитель-бомбардировщик F-35C наносит удар по инопланетной сфере ядерной ракетой, огромные количества инопланетной техники уничтожают морское авианосное ударное соединение. Авианосец «Конституция» подвергается атаке огромного инопланетного механизма и тонет. В конце игры Елена сообщает Номаду, что другая часть ВМС США прибывает из Японии и будет на месте конфликта через несколько часов.
Команда доктора Розенталя
Археологическая команда доктора Розенталя (англ. Rosenthal), состоящая из пяти человек, является членом «Международной Археологической Ассоциации». В состав команды, помимо Розенталя, входят его дочь Елена (англ. Helena), Бадовски (англ. Badowski), неназванная женщина с азиатской внешностью, а также ещё один человек, Мэтью Джексон (англ. Matthew Jackson). Команда находится на острове с целью поиска и изучения останков древней инопланетной расы. Розенталь ранее также находил остатки инопланетян в разных уголках планеты. После прибытия на остров команда попадает под власть генерала Кхона, который использует их в своих целях. Неназванная азиатка оказывается агентом ЦРУ, посланным для того, чтобы тайно передавать информацию американским военным. Номад вместе с Психом спасают её во время допроса, после чего Псих уводит её на авианосец «Конституция». Бадовски является первой жертвой: Пророк и Номад обнаружили его труп с многочисленными ледяными сосульками в спине. Доктор Розенталь погибает на раскопе во время активации инопланетного аппарата. Мэтью Джексон был застрелен в голову генералом Кхоном в присутствии Елены и Номада. Елена выживает и, возможно, появится в сиквелах игры.
Армия Северной Кореи
На острове северокорейскую армию возглавляет генерал-полковник Ри Чан Кхон (англ. Ri Chan Kyong), известный своим зверством. В распоряжении армии находятся значительные силы пехоты, военная техника от джипов до танков, а также вертолёты. Позже становится известно, что генерал и его личная охрана используют нанокостюмы, аналогичные тем, которые используют бойцы Дельты.
Пришельцы
Действуя из массивного космического корабля, сами пришельцы имеют обтекаемые тела и «плавают» внутри своего корабля, на котором царит невесомость. Их биомеханические военные машины имеют вариации от небольших механизмов, способных маневрировать в закрытых помещениях, до огромных роботов, способных наносить разрушения своими конечностями. В конце игры можно наблюдать тысячи инопланетных механизмов, что говорит о глобальном плане вторжения на Землю.
Все технологии пришельцев так или иначе связаны с очень низкими температурами. Так, большинство их оружия или замораживает цель, или выпускает в неё огромное количество ледяных сосулек на высокой скорости. Это оружие не требует боеприпасов, однако ему необходимо время «на охлаждение» после длительного периода непрерывной стрельбы. У пришельцев есть и другие типы оружия, такие как научно-фантастическая «пушка сингулярности», или более традиционные образцы, такие как лезвия и шипы, непосредственно встроенные в их боевые машины. Некоторые небронированные пришельцы, которые встречаются Номаду на инопланетном корабле, используют бластеры с традиционным научно-фантастическим дизайном.