В игре присутствует четыре уровня сложности: лёгкий (англ. easy), средний (англ. medium), тяжёлый (англ. hard) и дельта (англ. delta). В большинстве шутеров увеличение уровня сложности ведёт, как правило, к увеличению реакции и меткости врагов, к увеличению повреждений, наносимых врагами, и к уменьшению запаса здоровья протагониста. В Crysis, помимо всего этого, с изменением уровня сложности изменяется HUD, что напрямую ведёт к изменению геймплея.

Так, на самом лёгком уровне сложности все враги обводятся красными контурами, гранаты — рамками, есть возможность ездить на транспортном средстве и одновременно стрелять из турели, установленной на нём. На самом тяжёлом уровне сложности все эти особенности исчезают, а также пропадает перекрестье прицела. Таким образом, Crysis становится похож на тактический шутер.

Более того, при выборе максимального уровня сложности враги начинают разговаривать между собой по-корейски, в результате чего игроку становится сложно понять их намерения.