Сюжет в Crysis полностью линеен, хотя на большинстве уровней имеются некоторые дополнительные миссии и цели, которые необязательны для выполнения. Однако выполнение или невыполнение этих целей никоим образом не влияет на сюжет, поэтому он относится к линейным.

Игра по стилю геймплея и дизайну уровней условно делится на две части. Первая часть — открытые уровни, свободный геймплей. Вторая часть — линейный геймплей и «коридорный» дизайн уровней.

Геймплей и дизайн игровых локаций (уровней) из первой части игры, в отличие от сюжета, полностью нелинейны. Игра «Crysis» относится к играм-песочницам (англ. sandbox game) со «стихийным» геймплеем (англ. emergent gameplay). Игра не ведёт игрока по конкретному пути, она лишь даёт ему базис для проведения внесценарных экспериментов.

Возможности нанокостюма, модификация оружия, доступные транспортные средства и интерактивное окружение являются инструментами, с помощью которых игрок не только проходит игру, но и полностью сам выбирает стиль прохождения игры. Например, возможно пройти целый уровень, не убив при этом ни одного врага. Любая вражеская база или лагерь находятся на открытой местности, поэтому они доступны для атаки с любой стороны.

Игрок волен изменять свой стиль геймплея и тактику ведения боя в любой момент игры. Например, игрок может в любой момент перейти от скрытных действий в стиле «стелс-экшн» к прямым перестрелкам «лоб-в-лоб», а потом к снайперской стрельбе. Наличие разнообразных транспортных средств со множеством возможностей ещё сильнее влияет на непредсказуемость геймплея. Именно поэтому данная игра относится к играм со «стихийным» геймплеем.

Например, главную корейскую базу во втором уровне «Восстановление» можно атаковать множеством способов. Можно пробраться через главный вход на транспорте, или пешком. Можно атаковать базу с моря на катере, высадившись на пляже и преодолев минную полосу. Можно высадиться позади базы и атаковать её с тыла. Можно пробраться на базу по горной тропе. Можно расстрелять базу с соседней горы с помощью гранатомёта и снайперской винтовки. А можно в режиме «стелса» проникнуть на базу и, никого не убив и не подняв шума, выполнить цель. Подобные ситуации повсеместно встречаются в первой части игры.