Нанокостюм (англ. Nano Muscle Suit) — вымышленное техническое приспособление, силовой экзоскелет, при работе использующий нанотехнологии.

Идея создания и дизайн нанокостюма, по словам главного игрового дизайнера Бернда Димера (англ. Bernd Diemer), были вдохновлены американской военной программой United States Future Force Warrior 2020. Эрик Лагель (англ. Eric Lagel), сотрудник компании Crytek, говорит, что нанокостюм — «это одна из главных „фишек" Crysis, и мы просто не могли не включить его в мультиплеер. Нанокостюм — это всего лишь оружие, которого не было в других играх».

Основная особенность нанокостюма — его режимы работы, которые дают человеку-пользователю новые возможности и увеличивают существующие. В нанокостюме присутствуют 4 режима. Одновременно может быть включён только один режим, то есть невозможно использовать два и больше режимов одновременно. Также нанокостюм всегда должен находится в одном из четырёх режимов, то есть его невозможно «выключить». Выключение может происходить только во время одиночной игры и согласно скриптам. Кроме режимов, нанокостюм обладает другими дополнительными возможностями.

Защита (англ. maximum armor) — энергия костюма перераспределяется на защиту и восстановление ран. На максимальном запасе энергии костюм способен выдержать достаточно большие повреждения, к примеру, взрыв гранаты в непосредственной близости от носящего или выстрел из снайперской винтовки. Однако если энергия будет потрачена, то наносимые человеку повреждения будут отнимать его здоровье. При атаке человека-пользователя костюм в этом режиме излучает молочно-белое сияние.

Сила (англ. maximum strength) — благодаря наномеханическим мускульным сервоусилителям в этом режиме увеличивается мускульная сила человека-пользователя. Режим увеличения мускульной силы может использоваться для выполнения прыжков в высоту и эффективного ближнего кулачного боя. Также существенно компенсируется тряска оружия и отдача при выстрелах. Энергия тратится при каждом ударе, выстреле или прыжке. Костюм в этом режиме постоянно излучает неяркое красное свечение.

Скорость (англ. maximum speed) — ускорение работы синапсов центральной нервной системы, вследствие чего у человека, облачённого в нанокостюм, временно повышается скорость передвижения. Энергия тратится при беге и при рукопашном бое, в остальное время не расходуется, однако скорость ходьбы в таком режиме несколько больше, а время перезарядки оружия — меньше, нежели в режиме силы или режиме защиты. Режим увеличения скорости может также использоваться для прыжков в длину. Во время действия костюм излучает неяркое золотистое сияние, которое «перетекает» по нему.

Невидимость (англ. cloak) — человек-пользователь становится почти полностью прозрачным для света, что делает его практически невидимым. Режим невидимости тратит энергию всё время своего действия, причём энергия тратится тем быстрее, чем активнее передвигается человек-пользователь. Особенно быстро энергия тратится при беге и прыжках, а наиболее медленно — когда пользователь крадётся или вообще неподвижен. Режим невидимости не делает человека-пользователя абсолютно невидимым, противники могут заметить его по побочному излучению костюма при приближении к нему вплотную. В отличие от личного оружия, предметы окружения, переносимые пользователем в руках, не становятся невидимыми, что также может стать причиной обнаружения. При любом грубом взаимодействии с окружающей средой, будь то выстрел из оружия, бросок предмета или рукопашный удар, режим невидимости отключается, энергия обнуляется, и костюм автоматически переходит в режим защиты.

В начале миссии Assault Псих (боец отряда Хищник, см. ниже), находясь вместе с Номадом во VTOL’е, говорит рядовому морпеху Джонсону о цене нанокостюма, которая составляет около 1 000 000 $.

Нанокостюм обладает дистанционным механизмом самоуничтожения, при использовании которого сам костюм и его носитель сгорают, не оставляя видимых следов. Эта функция используется для того, чтобы нанокостюм не достался противнику.

Из-за способности нанокостюма постоянно регенерировать здоровье игра полностью лишена аптечек. Однако все действия истощают резервы возобновляемой энергии костюма; энергия перезаряжается наиболее быстро в режиме защиты. Костюм может быть быстро переключён между режимами с помощью системы мышиных жестов (англ. Mouse gestures), которая добавляет важный тактический элемент в бой. Интегрированная в шлем костюма маска имеет свой собственный HUD (англ. Head-Up Display), который отображает такие данные, как тактическая карта и текущий уровень энергии. Таким образом, вся видимая информация является электронной по природе, что определяется по таким вещам, как загружающееся считывание и визуальные искажения во время аварийных ситуаций. Встроенные утилиты включают двухстороннее радио, карманный компьютер (PDA) и возможность записи аудиовизуальной информации, а также такие особенности, как ночное видение и смена кратности изображения (встроенный бинокль). Все эти способности доступны в синглплеере.